Powstanie wsi wiąże się z rokiem 1606. Wcześniej był tu folwark zwany Szreniawa, który dał początek dzisiejszej wsi. Pyzówkę założył Jan Pieniążek, dzierżawca starostwa nowotarskiego, który w roku 1596 otrzymał od króla przywilej zakładania osad w starostwie. Według lustracji z roku 1638 było tu sołtystwo, trzynastu zarębników płacących podatek po 10 złotych, oraz zagrodnicy płacący po 2 złote i dający przędzę po 3 łokcie, a także składający daninę ze słomy. Zarębnicy odrabiali po 12 dni w roku pańszczyzny, a zagrodnicy po 6 dni w roku. Folwark ten został zlikwidowany w połowie wieku XVIII, ziemię rozparcelowano i rozdano chłopom. We wsi było wówczas 14 ról i sołtystwo, o czym do dziś świadczy nazwa roli Sołtystwo w środku wsi. Sołtystwem władali wtedy Jan i Regina Czerwińscy, cieszący się opinią uczciwych ludzi, którzy otrzymali przywilej własności od króla Augusta III w roku 1750. W okresie zaborów Pyzówka wchodziła w skład cesarskich dóbr kameralnych. W ramach sekcji klikuszowskiej obejmującej wsie: Niwa, Obidowa, Klikuszowa, Lasek, Morawczyna, Pyzówka, Pieniążkowice, Dział, Załuczne i Długopole — wieś sprzedano w 1819 r. Sebastianowi Stadnickiemu. Ponownie założono folwark w Pyzówce, w którym chłopi odrabiali pańszczyznę.
Od początku Pyzówka należała do parafii św. Marcina w Klikuszowej, dopiero zaś od lat osiemdziesiątych XX w. po wybudowaniu kościoła stała się wsią parafialną. Tradycje miejscowości turystycznej sięgają początków lat sześćdziesiątych XX wieku. Był to też czas dynamicznego rozwoju miejscowości za sprawą lokalnych działaczy, a zwłaszcza Jana Roli . Pierwszą inwestycją , którą podjęto było wybudowanie w 1954r. w stylu góralskim budynku przystanku kolejowego PKP. Potem były następne inwestycje : w 1955r powstaje 4km drogi do Klikuszowej , w latach 1956-57 wybudowano Dom Ludowy(obecnie Dom Wiejski" Modrzew"), w 1957 rozpoczęto przebudowę drogi w kierunku Pyzówka -Nowy Targ przez Ludźmierz , w latach 1958-59 przeprowadzono elektryfikację wsi , a w latach 1964-65 wzniesiono budynek szkoły i inne wykonane w czynie społecznym. W latach dynamicznego rozwoju wieś Pyzówka była częstym tematem na stronach wielu gazet i czasopism.
